שיתוף הפעולה של היצ'קוק עם הסופר והמחזאי האמריקאי ת'ורנטון וויילדר (Thornton Wilder, 1897-1975), זוכה שלושה פרסי פוליצר, הביא ליצירת 'צל של ספק' (Shadow of a Doubt, 1943), אחד הסרטים הטובים ביותר של היצ'קוק, אם לא ה-. מדובר בסיפור עוכר שלווה בעיירה כל אמריקאית, הרבה שנים לפני שכל סדרת דרמה שנייה החלה לעכור שלווה בעיירות כל אמריקאיות. תסריט מתח עם ביקורת על המין האנושי (לא פחות…), לצד צילומי חוץ מרהיבים וצוות שחקנים משובח בראשות ג'וזף קוטן ותרזה רייט (Teresa Wright – 1918-2005).
העלילה בקצרה: צ'ארלי אוקלי (קוטן), הידוע גם כ"דוד צ'ארלי", נוסע מהחוף המזרחי למערבי כדי להסתתר בבית אחותו אמה ניוטון ומשפחתה, בעיירה סנטה רוזה. זאת, לאחר שבלשים עוקבים אחריו בחשד שהוא רוצח אלמנות עשירות. בבית האחות הוא פוגש את אחייניתו צ'ארלי ניוטון (רייט), שנקראת על שמו, ולשניים קשר מיוחד, מוזר ויוצא דופן. אלא שבעקבות שלל רמזים, האחיינית מתחילה לחשוד שדודה האהוב הוא רוצח האלמנות המסתורי. זה בתגובה, מנסה להרוג אותה כדי להימנע מהגילוי, אולם כשהוא מנסה להשליכה מרכבת נוסעת, היא דוחפת אותו אל מותו. היחיד שיודע את סודה הוא הבלש ג'ק גרהם, שחוקר את הפרשה ואף מתאהב באחיינית (בכל זאת, הוליווד).
הסרט צולם ברחובות סנטה רוזה שנמצאת במחוז סונומה, צפונית לסן פרנסיסקו (ב-SF צולם שנים לאחר מכן 'ורטיגו' – Vertigo, 1958) ובסמוך לעיירה בודגה ביי (שם צולם 'הציפורים' – The Birds, 1963). בזמן הצילומים, לפני 70 שנה, מדובר היה בעיירה בת 13 אלף תושבים, כיום זו עיר שבה כ-170 אלף תושבים, שעדיין זוכרת את הסרט הראשון והמוכר ביותר שצולם בתחומה.
הסרט צולם ברובו ברחובות העיירה ובבנייניה (בנק, ספרייה, תחנת רכבת, כנסייה וכו') – רוב הבניינים הללו אינם קיימים עוד. באותה תקופה מדובר היה במהלך נדיר, שכן בדרך כלל סרטים צולמו בתוך אולפנים. מהלך כל כך נדיר, עד שמגזין 'לייף' שלח צוות צילום לתעד את צילומי החוץ של הסרט. היצ'קוק ו-וויילדר ביקרו במספר עיירות עד שבחרו בזאת, הם גם בחרו כבית משפחת ניוטון בית בשדרות מקדונלד 904, שקיים עד היום. צילומי פנים מסוימים, בהם של בית המשפחה ושל גרם המדרגות האחורי, צולמו באולפן מסיבות טכניות.
הסרט צולם במהלך 1942, בזמן שאמו של הבמאי גססה ובהמשך מתה ממחלה באנגליה, ובעת שבמולדתו וברחבי אירופה געשה מלחמת העולם השנייה. היצ' בחר להישאר בארה"ב וחש רגשי אשם על כך (כנראה מעבר לרגיל). בסרט יש אזכורים למלחמה אליה גויסה גם ארה"ב, למשל כשחיילים הולכים ברחוב ונכנסים לבר המקומי. בסצנת הסיום צ'ארלי-האחיינית אומרת לבלש גרהם: "הוא [הדוד צ'ארלי] אמר שלאנשים כמונו אין מושג איך העולם באמת". והבלש עונה לה: "לפעמים הוא [העולם] צריך השגחה רבה. נראה שהוא משתגע מפעם לפעם – כמו הדוד שלך, צ'ארלי".
בספר "היצ'קוק – צדה האפל של הגאונות" מאת דונלד ספוטו, נכתב: "אירוע זה (מות אמו של היצ'קוק), שקדמו לו חודשים של דאגה ואחריו באו חודשים ארוכים של יגון חרישי, הוא שהפך את 'צל של ספק' כולו לרשת של רמיזות אישיות. הסרט הוא גם מפתח לסבך חייו הפנימיים ולתחושות האשמה שלו, וגם רשת של משמעויות הזורעת אור על יחסיו עם בני משפחתו, עם זהותו השסועה ועם התרבות המפוצלת שממנה היגר… הסרט יהיה לספר ההדרכה לכל ההשפעות הספרותיות והתרבותיות שהושפע בחייו, ולעולם לא יהיה עוד גלוי לב כל כך לפני הציבור ולפני עמיתיו. אפשר שמשום כך היה הסרט הזה תמיד מן הסרטים החביבים ביותר על היצ'קוק. אבל רק מעטים מבין השחקנים ואנשי הצוות שיערו את עומק מצוקתו וסבלו באותה שעה ואת מידת חשיפתו האישית".
לימים יסביר היצ'קוק לבמאי הצרפתי פרנסואה טריפו (בספר הראיונות שלהם "היצ'קוק-טריפו"): "לא הייתי אומר ש'צל של ספק' הוא הסרט החביב עליי. אם התבטאתי פעם ברוח זו, הרי זה משום שחשתי שהסרט מניח את דעתם של ידידינו 'חובבי הסבירות וההיתכנות', ידידינו חובבי ההיגיון…".
בין אם הסרט היה "בן מועדף" על היצ'קוק ובין אם לא, הדוד צ'ארלי, רוצח האלמנות, נברא בדמותו של הבמאי: "היצ'קוק מזדהה בבירור עם הדוד צ'ארלי, שגולם בידי ג'וזף קוטן", כתב ספוטו בספרו, "התסריט מתאר אותו כ'אדם קפדן ומסודר להחריד', כמו היצ'קוק עצמו, שהיה גאה בתכונותיו אלה. תיאורו של צ'ארלי בסרט דומה לתיאורו של היצ'קוק הצעיר: 'בחור שקט כל כך, תמיד קורא…'. רגשותיו של הנבל האלגנטי: געגועים רגעיים אל העבר וזלזול בהווה – רגשותיו של הבמאי הם".
זאת ועוד: אם המשפחה בסרט – האחות של הדוד צ'ארלי והאמא של צ'ארלי ניוטון הצעירה – נקראה בשם אמו של היצ'קוק: 'אמה': "דמותה של אמה [הדמות], שהועלתה על הכתב בימיה האחרונים של אמה היצ'קוק, היא דמות האם החיובית האחרונה בסרטיו של היצ'קוק והוא מבוססת על אמו של היצ'קוק", כתב ספוטו, "תחושותיו המבולבלות, רגשות האשמה שלו, ההתנגשות בין אהבה לטינה, כל אלה התפרצו לאחר מותה ובסרטיו הבאים מצוירת הדמות [האם] בצבעים כהים יותר".
"ב'צל של ספק' יצר [היצ'קוק] איור דקדנטי של המציאות הפסיכולוגית שקארל יונג כינה אותה "הצל" המצוי בכל אחד מאיתנו", כתב ספוטו בביוגרפיה של הבמאי. ואילו בספר אחר שלו: The Art of Alfred Hitchcock, כתב על שני הצ'ארלי (הדוד והאחיינית) שלא במקרה נקראים באותו שם, שכן הם מייצגים את הטוב והרע ששוכן בכל אדם. "צד אחד (צ'ארלי הצעירה) מדגים את החיובי במין האנושי, האופטימיות, הטוב, נדיבות הלב, האמון והאהבה. הצד השני (הדוד צ'ארלי) מייצג מה ששלילי, דקדנטי ומוביל לרצח. הרוצח, הדוד צ'ארלי, מסוגל, כפי שאנו רואים, לקסם אישי רב, נדיבות לב כלפי משפחתו וחמימות כלפי אחותו, ויש לו את אותו דם עם אחייניתו התמימה והמתוקה. היא מנגד, מסוגלת לרצוח את דודה. הרעיון שכולנו עד גבול מסוים שילוב של מלאכיות ושטניות, שיש בתוכנו כוחות דואלים, הוא עתיק מהתקופה היוונית, ומהמסורת היהודית והנוצרית. יין ויאנג".
"יחד עם 'פסיכו' (Psycho, 1960) 'צל של ספק' הוא אחד הסרטים הנדירים שלך שבהם הדמות הראשית בו היא האיש הרע, והקהל מזדהה איתו מאוד", אמר טריפו להיצ'קוק לגבי דמותו של קוטן (הדוד צ'ארלי), שבדומה לדמות שגילם אנתוני פרקינס (נורמן בייטס) ב'פסיכו' – היה רוצח מהזן הכריזמטי ומעורר האמפתיה. היצ' ענה על כך: "הוא [הדוד צ'ארלי] רוצח אידיאליסט. הוא אחד מאותם רוצחים שחשים שיש להם משימת השמדה. אולי הגיע לאלמנות מה שקרה להן, אבל זה לא היה העסק שלו. יש בסרט שיפוט מוסרי, לא כן, כשהאחיינית משמידה בסוף את קוטן, אפילו במקרה. זה שקול לאמירה שלא כל הרעים הם שחורים ולא כל הגיבורים הם לבנים. יש אפור בכל מקום. הדוד צ'ארלי אהב מאוד את אחייניתו, אם כי לא באותה המידה שהיא אהבה אותו. אבל היא הייתה חייבת להרוג אותו, כי אסור לשכוח שאוסקר וויילד אמר: "אנחנו הורגים את מה שאנחנו אוהבים"".